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Software-MANTIS调研

发表于 2018-04-09 | 分类于 NGS , software , Linux
MSI(Microsatellite instability 微卫星不稳定),在MMR缺陷的基因组中,MSI发生的比例会显著提升。MANTIS 就是一个用于进行MSI检测的软件。
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文件格式说明 - Bed

发表于 2018-04-06 | 分类于 知识沉淀 , 文件格式
Bed文件,是变异分析中常用的文件,尤其是在基因组区域信息记录中bed是属于一个共识性文件,适用范围非常广泛,但是大家更多的理解是一个三列的染色体位置文件,对文件细节确鲜有关注,在此记录以便后续方便查阅。
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文件格式说明 - SAM/BAM

发表于 2018-04-06 | 分类于 知识沉淀 , 文件格式
BAM&SAM文件,是变异分析中常用的文件,也是短序列比对中常用的文件格式,记录文件格式,以便后续方便查阅。
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文件格式说明 - Generic Feature Format Version 3 (GFF3)

发表于 2018-04-06 | 分类于 知识沉淀 , 文件格式
The GFF3 format is better described and allows for a richer annotation, but GTF will also work for many submissions. This documentation focuses on GFF3 formatting conventions, but GTF conventions to use for submission are similar. Several basic validators are available to verify that a GFF3 file is syntactically valid。
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文件格式说明 - Vcf

发表于 2018-04-06 | 分类于 知识沉淀 , 文件格式
BAM&SAM文件,是变异分析中常用的文件,也是短序列比对中常用的文件格式,记录文件格式,以便后续方便查阅。
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测序数据库-SRA

发表于 2017-01-22 | 分类于 知识沉淀 , 数据库
工作需要对针对动物,植物,微生物的划分进行去除;将目前的动物,植物.微生物三个高通量测序数据库进行整合;合并为一个数据库 高通量测序数据库。
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生信相关公共数据库

发表于 2017-01-19 | 分类于 index , 知识沉淀 , 数据库
整体数据库列表| 数据库 | 地址 | 简介 ...
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生信相关软件索引

发表于 2017-01-19 | 分类于 index , NGS , software
常见文件格式 终端软件 下机数据质控 SOAPNuke 变异检测 功能软件 安装 bcftools 1.2, htslib-1.2.1, tabix12345678wget https://github.com/samtools/bcftools/relea ...
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Vim常用命令

发表于 2017-01-15 | 分类于 Linux , 编程拾慧 , Vim
记录一些Vim的常用命令
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云计算技术及性能优化

发表于 2017-01-15 | 分类于 云计算
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