工序 1 的交付物是一张立项单，不是「做一个更好的蛋白」。「去哪」要写成：哪一条可测性质必须变、变多少、哪些已有性质不许坏。没有这三项，后面的突变表和模型都无法验收。
1. 应用句 ≠ 工程目标
应用句描述用户看见的结果：「洗衣液在加漂水时仍能去血渍」「餐前注射后血糖降得够快」「作物在热胁迫下叶面积不掉」。工程目标描述蛋白内部必须改变的那条物理化学量。
同一条应用句可以对应不同目标，判决标准是反事实：
假如结合变了而催化没变，应用还成功吗？假如选择性变了而目标底物的反应速率没变，还成功吗？
只有「单独改变仍使应用成功」的那条，才是真正目标。其余是副作用，或实现真正目标的假设。
谷蛋白蛋白酶是可用的判决样例：起点酶偏爱 Pro–Arg / Pro–Lys，任务是更会切谷蛋白里常见的 Pro–Gln。变体往往在反应性、选择性、结合上一起变。若只升选择性（对 Pro–Lys 更慢）而不升对 Pro–Gln 的催化，肠道里被切掉的谷蛋白并不会变多。真正目标是反应性；更紧的结合只是「也许能加快催化」的假设，不能单独当完成。
人源胱硫醚-$\gamma$-裂合酶改吃 L-甲硫氨酸做肿瘤耗竭同理：只有结合、没有裂解周转，血中甲硫氨酸不会下降。真正目标仍是催化。
2. 四类目标的操作定义
2.1 稳定性
蛋白保持功能的能力。功能可以是结合或催化。工程语境里它包括：
- 耐受热、有机溶剂、极端 pH、氧化剂、高底物/产物浓度；
- 常温储存或反复使用仍活；
- 治疗蛋白的血浆停留时间；
- 为后续功能突变预留稳健性（更稳的蛋白更能「进化」）。
稳定性经常「一通百通」：耐热的变体也常更耐溶剂。但「稳」必须写清是哪一种：热展开、氧化、蛋白酶切、还是构象锁死（如刺突蛋白的融合前态）。
2.2 结合
蛋白对配体的亲和。配体可以是小分子、离子、蛋白或核酸。更紧的结合可降低诊断检出限或治疗剂量；更松或不再被结合同样可以是目标——人源化是为了减少被抗抗体抓住，工程细胞因子回收是为了改变与清除受体的相互作用。
2.3 反应性
酶催化化学转化的能力。方向包括：原反应更快、底物范围外扩、关掉有毒活力（百日咳毒素 S1 亚基的失活疫苗）、甚至开出自然界没有的反应类型。酶只加速趋近平衡，不改平衡常数本身。
2.4 选择性
同一溶液里对竞争对象的相对行为：相对结合、相对反应、或同一底物给出不同产物的比例。酶里最常见的是对映选择性（enantioselectivity）：两个对映体谁更快。选择性已经是两条路径的比较，改进它对应「差的差」（$\Delta\Delta\Delta G$ 语言见工程逻辑篇）。
3. 把案例压回四类之一
先写应用句，再只圈四类中的一类。圈不定，说明任务单还没写清。
| 应用句 | 真正目标（常见判决） | 容易误判成 |
|---|---|---|
| 洗涤剂蛋白酶遇漂水仍活 | 稳定性（抗氧化，Met222Ala） | 反应性 |
| 人源化鼠抗并补框架突变，恢复阻断 HER2 | 结合（框架修复亲和） | 「人源化」本身 |
| 快效 / 长效胰岛素 | 结合（单体–多体平衡） | 稳定性 |
| 凝血因子 VII 对损伤膜更狠 | 结合（也可叠加反应性） | 笼统的「更强」 |
| 百日咳疫苗去掉毒性 | 反应性（关掉 ADP-核糖基化） | 稳定性 |
| 刺突蛋白做成更好的免疫原 | 稳定性（锁融合前构象） | 结合 |
| 西格列汀转氨酶吃非天然酮 | 反应性（兼稳定与选择） | 只报选择性 |
| 草甘膦抗性 / Bt 增毒 | 新反应性或结合 | 「转基因」 |
曲妥珠单抗（trastuzumab，Herceptin）说明约束和目标不是一回事：把鼠源互补决定区（complementarity-determining region，CDR）搬到人 IgG 上（轻链 24、重链 32 个残基）并没有得到能交付的药——亲和下降且不能阻断增殖；框架区再补 7 个替换，结合提高约 100 倍、超过鼠源抗体，药效才回来。人源化是应用约束，补上的结合才是工程目标。
段末注释：CDR 是抗体直接接触抗原的环区；框架区支撑这些环的几何。只搬 CDR 常破坏环的取向，必须用框架突变把结合几何找回来。
4. 立项清单（可直接粘到实验记录）
- 应用成功的可观测标准（剂量、产率、纯度、存活分数……）。
- 四类中的真正目标 + 数值幅度。
- 不可退化的已有性质。
- 当前蛋白已经「够用」和「不够用」的各是哪一条（呼应「刚好够用」）。
- 若实验同时改了两条性质，哪一条是目标、哪一条是假设。
幅度决定难度：2 倍亲和与 100 倍亲和不是同一类项目；后者往往要多轮突变或多位点协同。
5. 验收
三份都曾被写成「更稳」：Rubisco activase、新冠疫苗抗原、枯草杆菌蛋白酶。立项时分别写清：(a) 应用中的功能；(b) 稳的是哪一种；(c) 稳如何变成可观测改善。
| 蛋白 | 功能 | 哪种稳 | 应用收益 |
|---|---|---|---|
| Rubisco activase | 维持 Rubisco 可羧化 | 热稳定 | 热胁迫下光合与叶面积 |
| 刺突蛋白 | 诱导中和抗体的免疫原 | 构象（融合前） | 更好的中和应答 |
| subtilisin | 去蛋白污渍 | 化学/氧化（及表面活性剂、自溶） | 加漂水仍能洗、货架期 |
6. 依据与边界
对照 Chp-1-Setting-Goals.pdf。案例数字以该章及其中文献为准（subtilisin 氧化抗性、曲妥珠单抗人源化、西格列汀转氨酶）。本篇只规定立项字段，不展开表达或筛选。