snakemake分享ppt

bench

通过 benchmark 指定输出文件，可以记录每个任务运行过程中所使用的计算资源。

rule Demo:
    input: ...
    output: ...
    conda: 
        "envs/rmhost.yaml"
    shell: ...
    benchmark: log.txt

运行rule后，会在 log.txt 文件中输出任务运行的相关资源信息。

s	h: m: s	max_rss	max_vms	max_uss	max_pss	io_in	io_out	mean_load
1653.7956	0:27:33	11794.34	39378.64	11782.93	11787.65	5094.00	2639.98	118.52
其中每个字段含义如下（官网链接）:

s: 运行时间，秒为单位
h: m: s : 运行时间，时分秒制
RSS: Resident Set Size 实际使用物理内存（包含共享库占用的内存）
uss：最大虚拟内存
USS: Unique Set Size 进程独自占用的物理内存（不包含共享库占用的内存）
PSS: Proportional Set Size 实际使用的物理内存（比例分配共享库占用的内存）
io_in: I/O read in bytes
io_out: I/O written in bytes
mean_load
VSS- Virtual Set Size 虚拟耗用内存（包含共享库占用的内存）
一般来说内存占用大小有如下规律：VSS >= RSS >= PSS >= USS

统计任务CPU时

随着计算的精细话管理，越来越多的工作需要精确统计每个步骤/每个流程分析所需时间，使用的snakemake版本大于5.30时，框架自带的benchmark 记录会保存每个任务的cpu_time。

# <= v5.29
s       h:m:s   max_rss max_vms max_uss max_pss io_in   io_out  mean_load
3.5506  0:00:03 34.39   239.52  32.57   32.66   80.04   0.01    41.13
# >= v5.30
$ cat benchmarks/test1.rmhost.benchmark.txt 
s    h:m:s    max_rss    max_vms    max_uss    max_pss    io_in    io_out    mean_load    cpu_time
62.8049    0:01:02    3528.02    4267.68    3524.98    3525.02    12.81    48.00    267.62    168.59