Python-包-包管理器Conda

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记录下Conda使用方法，和一些常见问题

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Conda安装和卸载

Conda安装

下载相应的安装sh 示例如下:
更多发行版本获取

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wget https://repo.continuum.io/archive/Anaconda3-5.0.0-Linux-x86_64.sh #(下载Anaconda的Linux版本)
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py37_4.11.0-Linux-x86_64.sh #(miniConda)
bash Anaconda3-5.0.0-Linux-x86_64.sh #安装
source ~/.bashrc  #更新环境变量

mamba安装

conda的一个优化插件，可以大幅度提高安装速度

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conda install  -c conda-forge -c bioconda  mamba

Conda配置

镜像管理

  • 20250115 可用镜像配置

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    channels:
      - bioconda
      - conda-forge
      - defaults
      - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
      - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
      - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
    show_channel_urls: true

  • 备选镜像清单

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    # 添加清华的Conda镜像
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
    conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
    conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
    conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
    conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
    conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

    conda config --add channels defaults
    conda config --add channels conda-forge
    conda config --add channels bioconda

    # 阿里云
    conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/main/
    conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/conda-forge/
    conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/bioconda/

    # 北京外国语
    conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
    conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
    conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

    # 北大镜像
    conda config --add channels https://mirrors.pku.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
    conda config --add channels https://mirrors.pku.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
    conda config --add channels https://mirrors.pku.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

    # 哈工大
    conda config --add channels https://mirrors.hit.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
    conda config --add channels https://mirrors.hit.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
    conda config --add channels https://mirrors.hit.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

    # 南京大学
    conda config --add channels https://mirror.nju.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
    conda config --add channels https://mirror.nju.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
    conda config --add channels https://mirror.nju.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

    # 北京交通大学
    conda config --add channels https://mirror.bjtu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
    conda config --add channels https://mirror.bjtu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
    conda config --add channels https://mirror.bjtu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

    # 西安交通大学
    conda config --add channels https://mirrors.xjtu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
    conda config --add channels https://mirrors.xjtu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
    conda config --add channels https://mirrors.xjtu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

  • 删除某个镜像

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    conda config --remove channels 'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/'

  • 删除所有镜像

    1
    conda config --remove-key channels

Conda卸载

修改~/.bash_profile中的环境变量，去除家目录中隐藏的.condarc文件.conda文件和.continuum目录

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rm -rf ~/miniconda
rm -rf ~/.condarc ~/.conda ~/.continuum

Conda使用

环境管理（conda env）

命令 功能
conda env list 列出所有Conda的环境
conda info -e 列出所有的conda环境
conda env create 创建环境
conda env export > *.yaml 将环境导出为yaml
conda env create -f *.yaml 基于配置文件创建环境
conda env update -f environment.yml 根据yaml文件，更新环境
conda create -n $env_name [package] 创建conda环境，同时安装相关的package（可选）
conda remove -n env_name –all 删除环境
source activate \$env 切换环境
source deactivate \$env 退出环境
conda update -n python36 mxnet 更新指定环境的某个包

包管理

命令 功能
conda list 查看已经安装的包
conda list -n \$env 查看环境\$env中安装的包
conda search 查看可用的软件包
conda install < package>=x.x 安装x.x版本的package
conda install < package>=x.x -y/–yes 直接安装x.x版本的package，不在询问

  • 更新conda环境
    conda update conda

  • 创建环境
    conda create -n ENV_Demo package1 package2 package3；
    创建一个名为ENV_Demo的环境，并在环境中安装 package1 package2 package3 三个软件包

  • 激活环境
    source activate ENV_Demo

  • 退出环境
    source deactivate ENV_Demo

虚拟环境的GCC升级

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conda install -c moussi gcc_impl_linux-64
ln -s /share2/home/anconda3/envs/my_env/libexec/gcc/x86_64-conda_cos6-linux-gnu/7.3.0/gcc /share2/home/anaconda3/my_env/bin/gcc
conda install gcc_linux-64
conda deactivate
conda activate my_en
gcc -v

常见安装

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# 安装 perl
conda install  -c conda-forge   perl=5.22
# 安装perl 包
conda install perl-Excel-Writer-XLSX perl-Spreadsheet-ParseExcel perl-bio-bigfile

# 安装 R 
conda install -c conda-forge r-base
# 安装R包
conda install r-ggplot2 #R包通常需要以r-开头
anaconda search -t conda r-ggplot2#若无法找到可以使用该命令搜索对应R包,此处的anaconda是原始conda的路径，而非R3.5环境下的
anaconda show BioBuilds/r-ggplot2 #显示该包的chanel
conda install --channel https://conda.anaconda.org/BioBuilds r-ggplot2  #根据anaconda show进行安装

常见问题

-------------本文结束感谢您的阅读-------------