pipeline-frameworks-cromwell-03.原生调度系统

需要注意几个点：

cromwel在进行任务投递时，会构建一个临时的工作目录，用于存储任务的中间文件，因此，我们需要保证工作目录的权限和空间足够。
cromwell存储每个任务的状态和任务间的逻辑关系，如果没有部署数据库，这部分信息会存储到内存中，因此如果没有部署数据库，需要确保内存足够支撑任务的运行，否则可能会出现内存爆掉的问题。

Run 模式投递

wdl本身有多种投递模式，其中最简单的是直接再前台进行任务的投递（run模式）

java -Xms512m -Xmx1g \
-Dconfig.file=cromwell-87.cfg \
-jar cromwell-87.jar \
run \
pipeline.wdl \
-i pipeline.input

这种模式，是直接进行单次的任务投递，执行简单无需额外的配置，但是在任务执行过程中，会占用前台的资源，如果任务复杂（task多）或并行的数据多，会导致内存爆掉。

因此，再非测试阶段，最好使用Server Mode进行任务的投递，将任务投递到后台进行执行。

Server Mode 投递

进行后台投递时候，我们首先需要启动一个后台服务

nohup java -Xmx512m \
-Dconfig.file=cromwell-87.server.cfg \
-jar cromwell-87.jar \
server \
> cromwell.log 2>&1 &

启动服务后，我们可以通过submit命令进行任务的投递

outdir="Server_test"
cromwell="cromwell-87.jar"
cromwell_config="cromwell-87.server.cfg"
wdl="pipeline.wdl"
wdl_config="pipeline.input"

/share/app/java/jdk-15/bin/java -Xmx512m  \
-Dconfig.file=${cromwell_config} \
-jar ${cromwell} \
submit ${wdl} \
-i ${wdl_config} \
> ${outdir}/cromwell.log \