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检索增强生成、混合检索（向量+BM25）、RRF 融合与引用约束的行业问题与实现对比。

将 Agent 暴露为 HTTP 服务：REST 契约、SSE 流式、前后端分离与实现选型对比。

多角色 Agent 的配置驱动模式、Persona、Skills 手册与权限边界的行业实践与方案对比。

Model Context Protocol 的行业动机、传输方式、Server 实现与替代方案对比。

Tool Calling、ReAct 执行循环的原理、行业痛点、实现方式与框架对比。

Chat Completions、System Prompt、温度与结构化输出（Pydantic/JSON Schema）的原理、行业痛点与实现对比。

Nature 2026：Duke 团队 Raygun 用两个参数协同控制蛋白替换与 indel，把 eGFP 缩到 FPbase 前 4%、EGF 结合更强；极端缩短仍要湿实验兜底。

第三方解读 Devkota / Singh 等 Nature 2026：Raygun 将蛋白语言模型嵌入压缩为固定维概率分布，以两个参数协同控制替换与 indel，实现模板引导的微型化与功能保留；细胞实验验证荧光蛋白、TurboID 与 EGF-EGFR 结合。

GitHub 仓库默认 CI/CD 方案 GitHub Actions 的配置与实践，含与 GitLab CI 的对照说明