Cancer statistics, 2022
参考文献Cancer incidence and mortality in China, 2016Latest global cancer data: Cancer burden rises to 19.3 million new cases and 10.0 million cancer deat
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NGS数据去重/压缩
由于NGS上游实验过程中,会进行PCR(该过程会引入Duplication),因此在下游对duplication的处理非常重要,可能会影响整体的检测结果。早期的MarkDup,存在主流的GATK、Picard等软件,但是随着临床低频检测的需求出现,UMI技术逐步成为低频检测的主流。而在UMI的应用下,Duplication这部分信息的利用进入了大家的视野。但是目前进行数据压缩的软件还未形成业内的公识,所以调研汇总一些。
NGS-重测序常见的可视化方案
NGS检测过程中,尤其是临床医学应用过程中,一些检测为了确保结果的可靠性,需要具备相关技能的人员对检测结果进行审核。为了提高人工审核的效率,在提高检测结果尽可能自动化的同时,提高检测结果的可视化展示,提高审核的便捷度。
LoD LoB LoQ
目前LOB、LoD概念整体上已经基本达成共识,但是在具体概念细节上,其实还是存在一些会引发歧义的内容。因此在展示LOB指标的时候,还是尽量在结果展示阶段,说明具体的计算方法或参考资料。以避免引起一些不必要的问题。
Limit of Blank (LoB)A blank sample was defi
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