文献《Advancing protein evolution with inverse folding models integrating structural and evolutionary constraints》解析：AiCE 框架在氨基酸突变设计中的核心指标、各指标预测方法与 AiCEsingle/AiCEmulti 双模块流程。

介绍 mkdssp（DSSP 4 命令行程序）的定位、输入输出、安装与典型工作流；澄清其基于三维坐标做二级结构注释而非从氨基酸序列直接预测，并给出与 PSIPRED 等序列预测器的选用建议。

在阿里云 ACK 上，以 Argo Workflows 跑 ESM2/ESMFold/MPNN 重计算，三个专用 MCP Server 负责调度；存储用 OSS 与 NAS，并给出 Tool 接口、WorkflowTemplate 与部署要点。

可运行的进阶 MCP Server 示例：同步 Tool、Resource、Prompt，以及带 Progress 的长任务 Tool（Tasks 需 FastMCP 2.14+ 与 Host 支持）。

分析大计算量、长耗时 MCP 工具对协议与架构的影响，介绍 Tasks、Progress、取消语义、外部队列与 Resource 卸载等开发阶段优化策略。

梳理 MCP Server 部署模式（stdio 按需、内网常驻、Docker、Serverless、Registry）与 Streamable HTTP 有/无状态选择，并给出 Host 侧调用配置与生产清单。

对比 Python 侧 MCP Server 开发框架：官方 SDK、FastMCP、底层 mcp.server、客户端桥接与 Agent 编排，并给出选型决策树与环境约定。

以 MCP 2025-11-25 为实践主干，梳理协议层、原语层与业务层心智模型，并介绍 Tasks、Progress 等通用能力与 2026 演进路线。

系统对比 qPCR、Western、流式、双荧光素酶、5' RACE、RNA-seq 等 siRNA 抑制效率验证方案的准确性、局限性与行业共识；给出按场景选择的最小验证组合与定量报告规范。

系统对比 qPCR、Western、流式、双荧光素酶、5' RACE、RNA-seq 等 siRNA 抑制效率验证方案的准确性、局限性与行业共识；给出按场景选择的最小验证组合与定量报告规范。