从 SE(3) 对称性与等变/不变性区别出发，系统介绍 SE(3)-Equivariant GNN 的消息传递、不可约表示与张量积层、EGNN/SE(3)-Transformer 等代表架构，并归纳分子性质、结构预测、对接与力场学习等典型场景；含五幅科普动漫示意图。

从图的基本表示与置换不变性出发，系统介绍图神经网络（GNN）的消息传递范式、GCN/GAT/GraphSAGE 等代表算法、图级读出与 PyG 工程要点，并衔接三维几何与 SE(3)-等变 GNN；含五幅科普动漫示意图。

从能量函数、侧链 rotamer 库与 Packer 搜索，到固定骨架设计、耦合运动与多状态协议，系统说明 Rosetta 进行蛋白质序列设计的物理建模与典型工作流；含四幅原理示意图（SVG）。

从状态图、多智能体对话、数据管道到云状态机，梳理主流编排范式的实现方式、优势与典型场景，并给出可操作的选型维度与决策思路。

消息传递神经网络（MPNN）的形式化框架：消息、聚合、读出与多层堆叠；与常见图卷积变体的关系、表达能力边界及与序列模型的对照直觉。

从核酸—载体复合物形成、膜吸附与内吞、内体成熟与酸化到内体逃逸与胞质释放，系统梳理化学转染在细胞内的连续生物学事件，并对比电穿孔等物理途径的细胞膜层面机制。

说明 MDL Molfile 连接表（CTAB）、V2000/V3000 差异及酶改造／对接中与 SDF、MOL2 的分工，附 CTAB 结构示意插图。

说明 Tripos MOL2 的 @MOLECULE/@ATOM/@BOND 分段、原子类型与对接力场准备中的意义，并与 Molfile、SDF 对照。

说明 SDF 在 Molfile 之上的记录分隔与数据字段、$$$$ 语义及酶改造筛选注释场景，附多条记录示意插图。

解读 Dauparas 等 Science 2022 工作：ProteinMPNN 的原理、架构、训练策略、性能与典型应用场景。