perl - 常用功能切片 发表于 2018-04-05 | 分类于 编程拾慧 , Perl 处理字符串处理数组统计属组中特定元素的个数12@array=(1,2,2,2,3,4,5,6,7);$number = grep { $_ == 2 } @array; # 统计数组中元素是 “2” 的元素个数。 处理字典生成title索引1@h{@t} = ... 阅读全文 »
Perl脚本的调试 发表于 2018-04-05 | 分类于 编程拾慧 , Perl 编程中错误不可避免,调试能够帮助我们发现有问题的代码段。在网上看了一下Perl脚本调试,发现其实很多东西并不需要,而且那么多也没人看。下面简单整理一下。1.进入debug。 使用-d,进入debug状态。例:perl -d Perl程序名称。2.设置断点 b:设置断点。例:b 行号; ... 阅读全文 »
Perl包:Statistics_Descriptive 数据统计 发表于 2018-04-02 | 分类于 编程拾慧 , Perl 模块名: Statistics::Descriptive 使用方法简介构建对象12use Statistics::Descriptivemy $stat = Statistics::Descriptive::Full->new(); 导入数据12$stat->add_data(@a); ... 阅读全文 »
Perl包:包安装工具-CPAN 发表于 2018-04-02 | 分类于 编程拾慧 , Perl 镜像配置几个主要的CPAN站点有:国内: ftp://freesoft.cgi.gov.cn/pub/languages/perl/CPAN http://cpan.qz.fj.cn/ 国外: http://www.cpan.org/ http://www.perl.com/CPAN-loc ... 阅读全文 »
Perl包:包管理常用命令 发表于 2018-04-02 | 分类于 编程拾慧 , Perl 包查询列出所有系统中已经安装的perl模块可以通过以下三种方式,查询系统中已经安装的所有perl模块 123perldoc perllocalinstmodsh # 显示模块find `perl -e 'print "@INC"'` -name ' ... 阅读全文 »
测序数据库-SRA 发表于 2017-01-22 | 分类于 知识沉淀 , 数据库 工作需要对针对动物,植物,微生物的划分进行去除;将目前的动物,植物.微生物三个高通量测序数据库进行整合;合并为一个数据库 高通量测序数据库。 阅读全文 »
生信相关公共数据库 发表于 2017-01-19 | 分类于 index , 知识沉淀 , 数据库 整体数据库列表 数据库 地址 简介 TCGA-GDC https://portal.gdc.cancer.gov/ TCGA官网 GEPIA http://gepia.cancer-pku.cn/ 包含TCGA和GTEx的9736个肿瘤和8687个正常对照样本的RNA-seq数据。可 ... 阅读全文 »
生信相关软件索引 发表于 2017-01-19 | 分类于 index , NGS , software 常见文件格式 2018-04-16.文件格式说明-vcf 2018-04-06.文件格式说明-SAM.BAM 2018-04-06.文件格式说明-Bed 终端软件 Software-编程终端-VSCode Software-终端工具-MobaxTerm 下机数据质控 SOAPNuke 变异检测 ... 阅读全文 »
BGI工作索引 发表于 2017-01-15 | 分类于 index 培训材料 NGS检测原理-实验 2020-05-02.snakemake介绍 2019-02-20.Git.1.安装配置 2019-02-27.Git.2.常用命令记录 知识点 2018-06-05.变异检出结果标准化-变异比对左对齐 2021-11-29-TMB 2021-12-07.DNA- ... 阅读全文 »