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pipeline-Serverless_Cloud_Function-入门简介及测试

发表于 2022-04-24 | 分类于 pipeline , SCF
云函数(Serverless Cloud Function,SCF)是腾讯云为企业和开发者们提供的无服务器执行环境,帮助您在无需购买和管理服务器的情况下运行代码。您只需使用平台支持的语言编写核心代码并设置代码运行的条件,即可在腾讯云基础设施上弹性、安全地运行代码。SCF 是实时文件处理和数据处理等场景下理想的计算平台。
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Linux-配置文件-vim配置

发表于 2022-04-13 | 分类于 Linux
vim是我们日常使用Linux进行文本/代码编辑过程中使用非常多的工具,通过对vim进行配置可以有效的提高我们的工作效率。
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文件格式说明 - yaml

发表于 2022-04-06 | 分类于 知识沉淀 , 文件格式
YAML Ain’t Markup Language (YAML™)。YAML(发音 /ˈjæməl/)是一个类似 XML、JSON 的数据序列化语言。其强调以数据为中心,旨在方便人类使用;并且适用于日常常见任务的现代编程语言。因而 YAML 本身的定义比较简单,号称“一种人性化的数据格式语言”。
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Python-包-scikit-learn

发表于 2022-03-17 | 分类于 编程拾慧 , python
官方资料scikit-learnscikit-learn中文社区scikit-learn Git skleran安装使用pip安装,terminal直接执行即可 1pip install -U scikit-learn 使用Anaconda安装,推荐Anaconda,因为里面已经内置了NumPy,S ...
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肿瘤临床检测中的点突变(SNV&InDel)变异检测方案调研

发表于 2022-03-14 | 分类于 NGS , 变异检测
变异检测变异过滤一些可以获取的临床变异检测资料信息中检院TMB标准化项目采用多个变异检测软件进行交叉验证,而后进行人工审核确认。 全国实体肿瘤体细胞突变 高通量测序(大 Panel)检测借助质评自身的特殊性,通过多家检测机构的结果进行较差验证,按着特定标准筛选获得标准答案集合。 基于IGV的人工审核 ...
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Enhanced detection of minimal residual disease by targeted sequencing of phased variants in circulating tumor DNA

发表于 2022-03-14 | 分类于 NGS , 文献
文献链接文章线上链接文章原文 文献主题内容最近的方法已经通过追踪多个具有错误抑制测序的体细胞突变来改善ctDNA MRD性能。这种方法允许使用现成的面板或个性化的检测方法对有限的cfDNA进行检测,检测限度低至2-10 / 100000。部分参考方法如下: Integrated digi ...
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Circulating cell-free DNA for cancer early detection

发表于 2022-03-14 | 分类于 NGS , 文献
本文综述了当前cfDNA检测技术和临床进展,希望对cfDNA检测在各种癌症和临床场景中的发展和应用提供一些见解。重点强调了生物标志物临床开发的关键阶段,以及cfdna液体活检的早期发展前景概述了癌症的检测。希望这项研究能促进基于cfdna的癌症早期检测的潜在整合目前的临床工作流程。
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Use of synthetic DNA spike-in controls (sequins) for human genome sequencing

发表于 2022-03-14 | 分类于 NGS , 文献
developed a set of synthetic DNA spike-ins—termed ‘sequins’ (sequencing spike-ins)—that are directly added to DNA samples before library preparation. Sequins can be used to measure technical biases and to act as internal quantitative and qualitative controls throughout the sequencing workflow.
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Software-varscan-变异检测

发表于 2022-03-13 | 分类于 NGS , software , Linux
variant detection in massively parallel sequencing data
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Software-PennCNV-基于SNP位点进行CNV检测

发表于 2022-03-13 | 分类于 NGS , software , Linux
variant detection in massively parallel sequencing data
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