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5003.大模型-架构-RFdiffusion3-0.架构与训练全景

发表于 2026-07-15 | 分类于 LLM
RFdiffusion3(RFD3)完整架构与训练:Atom14 输入与条件获取、U-Net 式 atom/token 双轨、EDM 损失与可训参数分层、数据集与复现训练 checklist。
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给普通人看的论文故事:怎么用「人造小蛋白」开关细胞里的激酶

发表于 2026-07-15 | 分类于 文献 , 计算生物学
科普解读 Bauer / Baker 等 bioRxiv 2026:用 AI 从头设计迷你蛋白,对细胞「开关蛋白」FAK 既能刹闸也能加油,并试着换到 Src。
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文件格式说明 - AIRR(适应性免疫受体组库数据标准)

发表于 2026-07-08 | 分类于 知识沉淀 , 文件格式
AIRR 标准概述:Adaptive Immune Receptor Repertoire 的定义、AIRR Community 标准体系、Rearrangement Schema 字段分类、TSV 文件约定与 productive/junction 等关键概念。
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抗体-04.工具-06.IMGT-ANARCI-RIOT-抗体序列注释工具对比选型

发表于 2026-07-08 | 分类于 知识
IMGT、ANARCI、RIOT 三款抗体序列注释工具横向对比:注释原理(胚系比对+编号方案)、实现差异、原理优劣势与场景选型。
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组库成千上万条序列?RIOT 入门:批量 V(D)J 注释与 AIRR 输出

发表于 2026-07-08 | 分类于 知识
BCR 组库、百万 FASTA、Spark 流水线——RIOT(riot-na)如何核酸/蛋白双通道批注释、输出 AIRR 标准表,安装与用法一篇读懂。
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测序拿到抗体 cDNA?IMGT/V-QUEST 入门:行业标准注释怎么用

发表于 2026-07-08 | 分类于 知识
杂交瘤测序、cDNA 克隆验证、人源化报告——IMGT/V-QUEST 怎么做胚系注释、FR/CDR 怎么切、Web 端怎么用,一篇读懂。
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只有氨基酸序列?ANARCI 入门:本地编号、CDR 边界与 Python 用法

发表于 2026-07-08 | 分类于 知识
表达序列、FASTA、ML 特征提取——ANARCI 如何本地识别 VH/VL、切换 IMGT/Kabat/Chothia 编号,CLI 与 Python 用法一篇搞定。
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5003.大模型-架构-AbAffinity-0.框架架构与使用

发表于 2026-07-06 | 分类于 LLM
AbAffinity 链感知三流架构:冻结 ESM-2 表征、重链 CDR 池化、轻重融合门与门控抗体–抗原交叉注意力,仅序列预测 pKd;含工作原理、应用场景与安装使用。
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MOO-03.遗传算法

发表于 2026-07-02 | 分类于 开发
遗传算法(GA)原理与实现:编码、选择、交叉、变异、精英保留;与梯度法对比;pymoo/DEAP 示例;与 NSGA-II 等多目标扩展的衔接。
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RNAbpFlow:碱基对增强 SE(3) 流匹配条件 RNA 三维结构生成

发表于 2026-07-02 | 分类于 文献 , 计算生物学
解读 Tarafder & Bhattacharya Nature Methods 2026:RNAbpFlow 以序列与碱基对为条件的 SE(3) 等变流匹配,端到端生成全原子 RNA 构象集合,无需 MSA/模板。
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