肿瘤突变负荷检测及临床应用中国专家共识（2020年版）
共识原文链接2020.10 肿瘤突变负荷检测及临床应用中国专家共识（2020年版）肿瘤突变负荷（tumor mutational burden，TMB）作为一个新兴的生物标志物，在预测肿瘤免疫治疗疗效中的作用越来越受到重视。目前 TMB 的检测方法主要是基于高通量测序平台的全外显子测序和靶向 Pan
...
Python-包-python-pptx生成PPT
简介处于某些上下游对接需求，所以需要频繁的将生信的分析结果整理成PPT文件，以便进行结果的展示。所以基于该模块可以更方便的在集群上自动化生成相关的文档示例，用于进行后续的处理。使用python操作PPT，需要使用的模块就是python-pptx，下面来对该模块做一个简单的介绍。这里提前做一个说明：p
...
Characterization and mitigation of fragmentation enzyme-induced dual stranded artifacts
DNA片段化是基于杂交捕获的短读长测序文库制备过程中的基本步骤。文库制备包括DNA片段化过程中引入的错误，会显著影响下游的分析，并直接导致假阳性和假阴性的增加。目前主流的DNA片段化方法有两种： 基于超声波进行的物理打断，（超声打断本身比较昂贵（仪器上万）和耗时（每个样本几分钟），但是会带来一些样本
...
snakemake介绍
snakemake分享pptSnakemake介绍官方文档
bench通过 benchmark 指定输出文件，可以记录每个任务运行过程中所使用的计算资源。
1234567rule Demo: input: ... output: ... conda: "e
...
snakemake进阶 - 扩展自定义参数进行流程控制
分支的实现在进行snakemake分析时，所有的参数都是通过 -C 进行传递的，例如 -C S=”string” 则在smk中可以通过使用 config[‘S’] 调用相关参数完成参数传递。 -C 传递的值统一保存在字典 “config” 中。
1234567-C \# 指定一些分支
...
snakemake进阶 - 2.调用容器 - singularity
业务需求，目前docker方案在所使用的集群中不可行，所以使用的是singularity 解决方案。首先我们看一个没有使用镜像的rule
123456789101112131415161718rule VEP_anno: input: vcf =
...
SGE任务调度系统相关命令记录
http://gridscheduler.sourceforge.net/htmlman/http://gridscheduler.sourceforge.net/htmlman/htmlman1/qstat.html?pathrev=V62u5_TAG
sge系统管理命令队列信息查询
命令
...