抗体-05.方法文献系列说明：一篇方法一篇详解

定位：本系列对抗体计算/设计领域的单篇方法文献做深读——方法动机、实现细节、结果口径与局限风险——便于工程选型与复现判断。
对照总览：抗体亲和力改造范式发展趋势（按范式排技术表）；本系列按单篇论文展开。

1. 收录边界

收录	不收录（或另系列）
可落地的算法/模型/协议原文（含预印本）	纯综述充当「方法行」
亲和力成熟、从头设计、可开发性、序列/结构生成与打分	与抗体无关的通用 ML 教程
开源或可复述实现路径的方法	仅公司新闻、无方法细节的宣传稿

一篇文章 = 一篇（或同一方法的紧密配套）文献，不在同文内堆多方法对比综述（对比可在工具系列或范式文完成）。

2. 单篇体例（固定章节骨架）

每篇方法文献解读建议含：

文献卡片：题名、作者/机构、发表/预印本、链接、一句话贡献
问题与动机：相对上一范式/竞品缺什么
方法总览：输入→输出、阶段划分（配图）
实现细节：数据、架构、损失/采样、条件化与引导
结果与口径：作者指标、湿实验有无、不可横比提醒
局限与风险：标签代理、分布偏移、任务边界
工程取用建议：何时用、依赖什么数据、与本仓库其他文的衔接

缩写体例：首次出现写「中文全称（英文全称，缩写）」；该段末用引用块 > 段末注释：… 简释；后文沿用缩写。

配图：与文章同名子文件夹，fig01-… 起编；默认科普示意，不替代原文 Figure。

3. 命名与文件布局

项目	约定
文件名	`抗体-05.方法文献-NN.方法短名+要点`
配图目录	与 md 同名文件夹
系列说明	本页 `…-00.系列说明`

4. 篇目清单

篇号	文件	文献要点	状态
00	系列说明	体例与索引	✅
01	AntiBARTy Diffusion	BART 潜空间 + 性质 CFG 扩散；溶解度用例	✅
02	AbDiffuser	APMixer + 物理投影 + 去噪先验；全原子共设计；HER2 体外	✅
03	DiffAb（预留）	抗原结构条件 CDR 序列–结构联合扩散	⏳
04	dyMEAN / MEAN（预留）	表位条件等变图共设计	⏳
05	RFantibody（预留）	RFdiffusion 抗体微调 + ProteinMPNN 闭环	⏳
06	GearBind（预留）	结构 (\Delta\Delta G) 图网络打分	⏳
07	Hie & Kim PLM 少样本成熟（预留）	通用 PLM 引导亲和力成熟协议	⏳

后续篇目优先覆盖范式文 4a/4b 代表技术；新增时同步改本表与文档索引。

5. 建议阅读顺序

范式总览（可选）→ 本系列说明 → 按任务选篇：
  性质/可开发性引导生成 → 01 AntiBARTy Diffusion
  全原子序列–结构共设计 → 02 AbDiffuser
  抗原/表位条件生成     → 03 DiffAb → 04 dyMEAN → 05 RFantibody
  亲和力打分/少样本成熟 → 06 GearBind → 07 PLM 协议