Bed文件，是变异分析中常用的文件，尤其是在基因组区域信息记录中bed是属于一个共识性文件，适用范围非常广泛，但是大家更多的理解是一个三列的染色体位置文件，对文件细节确鲜有关注，在此记录以便后续方便查阅。

The GFF3 format is better described and allows for a richer annotation, but GTF will also work for many submissions. This documentation focuses on GFF3 formatting conventions, but GTF conventions to use for submission are similar. Several basic validators are available to verify that a GFF3 file is syntactically valid。

BAM&SAM文件，是变异分析中常用的文件，也是短序列比对中常用的文件格式，记录文件格式，以便后续方便查阅。

编程中错误不可避免，调试能够帮助我们发现有问题的代码段。在网上看了一下Perl脚本调试，发现其实很多东西并不需要，而且那么多也没人看。下面简单整理一下。1.进入debug。 使用-d，进入debug状态。例：perl -d Perl程序名称。2.设置断点 b:设置断点。例：b 行号； ...

处理字符串处理数组统计属组中特定元素的个数12@array=(1,2,2,2,3,4,5,6,7);$number = grep { $_ == 2 } @array; # 统计数组中元素是 “2” 的元素个数。 处理字典生成title索引1@h{@t} = ...

模块名： Statistics::Descriptive 使用方法简介构建对象12use Statistics::Descriptivemy $stat = Statistics::Descriptive::Full->new(); 导入数据12$stat->add_data(@a); ...

镜像配置几个主要的CPAN站点有：国内： ftp://freesoft.cgi.gov.cn/pub/languages/perl/CPAN　 http://cpan.qz.fj.cn/　国外： http://www.cpan.org/　 http://www.perl.com/CPAN-loc ...

包查询列出所有系统中已经安装的perl模块可以通过以下三种方式，查询系统中已经安装的所有perl模块 123perldoc perllocalinstmodsh # 显示模块find `perl -e 'print "@INC"'` -name ' ...

工作需要对针对动物，植物，微生物的划分进行去除；将目前的动物，植物．微生物三个高通量测序数据库进行整合；合并为一个数据库　高通量测序数据库。

整体数据库列表 数据库 地址 简介 TCGA-GDC https://portal.gdc.cancer.gov/ TCGA官网 GEPIA http://gepia.cancer-pku.cn/ 包含TCGA和GTEx的9736个肿瘤和8687个正常对照样本的RNA-seq数据。可 ...