介绍外泌体的发生与标志物、miRNA 分选进入囊泡的分子机制、胞外稳定性与细胞间通讯功能，并说明为何 miRNA 谱可作为外泌体样品质量与来源的分子读出。

本页列出 miRNA 主题下各独立文档的文件名与内容范围，服务于外泌体 miRNA 测序与质量分析系列；各文技术正文相互独立。

系统介绍 miRNA 的发现脉络、生物发生通路、种子区与靶标识别规则、翻译抑制与 mRNA 降解机制，以及与 siRNA、endo-siRNA 的概念边界；为外泌体 miRNA 测序解读提供分子生物学基础。

聚焦蛋白质语言模型（PLM）与蛋白 Embedding 的评测体系：序列表征 vs 结构模型、TAPE/ProteinGym/FLIP 等基准、突变效应与酶工程指标、零样本与微调协议及聚合酶场景落地方法。

系统梳理文本/多模 Embedding 模型的评测维度：语义相似度、检索、分类聚类、MTEB/CMTEB/BEIR 基准、领域对齐评测与工程指标；给出公平对比协议与可复现实践流程。

聚焦蛋白质结构预测与实验/reference 对比的准确度指标：RMSD、TM-score、GDT、lDDT、局部活性位点误差、复合物 DockQ 及 CASP 分层评估；含科研漫画风示意图；不含 pLDDT/PAE 等模型置信度。

系统梳理蛋白口袋预测与表征的成熟工具（fpocket、P2Rank、CASTp、CAVER 等）：几何与机器学习原理、批量分析工作流、选型依据、预测结构局限，以及从 Voronoi 到深度学习的方法演进路线；含两幅 Nature Cell 风格示意图（SVG）。

从生物学视角定义蛋白质结合/催化口袋：与活性位点、沟槽、隧道的关系；体积、开口、疏水性等指征的功能含义；口袋变化影响 k_cat/K_m 的机制；从翻译折叠到衰老降解中口袋的形成与演变；含三幅 Nature Cell 风格示意图（SVG）。

LLM 概念解析系列导读：面向有机器学习基础的生物信息学读者，用直观解释、成因、场景、方案与近似概念对照，补充架构长文中的术语缺口。

专家坍缩（Expert Collapse / Routing Collapse）的直观解释、成因、典型场景、缓解方案，以及与模式坍缩、表示坍缩、Dead ReLU 等近似概念的异同对照。