云计算-基础概念-私有云公有云混合云
概念公有云概念公有云是部署云计算最常见的方式。公有云资源(如服务器和存储空间)由第三方云服务提供商拥有和运营,这些资源通过 Internet 提供。在公有云中,所有硬件、软件和其他支持性基础结构均为云提供商所拥有和管理。在公有云中,你与其他组织或云“租户”共享相同的硬件、存储和网络设备。你可以使用
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software-ossutil-阿里云数据传输
数据上传阿里云对象存储文档
配置12345/jdfstj1/B2C_COM_P1/Research_and_Development/Software/ossutil64 -i LTAI5tCC7sn** # 对象存储账号 -k bEawRWhj9dY**-e oss-cn-shenzhen.a
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WDL - 开发应用环境配置
工具插件Vim WDL 插件broadinstitute官方提供了在Vim环境下的WDL插件,提供基础的关键词、语法高亮等功能。其安装方式,可参考 https://github.com/broadinstitute/vim-wdl
VScode WDL 插件VScode也提供了WDL语言的插件。用户
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WDL - 架构简介
在前面的文章中,我们介绍了 WDL 的5个基本组件,掌握这五个基本组件(workflow、task、call、output、runtime)已经可以帮助我们完成流程的开发了。但是于此同时,wdl还有一些特殊的组件和特性,可以让我们更便捷的实现一些复杂功能。在这里,我们将介绍一些特殊的组件和特性。
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WDL - 架构简介 -常用组件介绍
WDL 是 Workflow Description Language的缩写,有时也写作 Workflow Definition Language,是美国 Broad Institute 推出的工作流描述语言。从开发者及开发者赋予的名字中,我们就能看出WDL是一个面向生物信息/基因组学领域
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WDL - 任务执行路径
从上一篇文章,我们已经知道怎么构建一个简单的 workflow,接下来我们看看一个个任务在wdl中是如何构建形成一个流程的。以及我们如何让这个流程运行起来。在 workflow 中,我们通过 call 调用了一系列的 task,但是这些被调用的 task 是如何执行的呢。毕竟当这些任务有些可以同时分
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WDL - 投递我们的流程
在前面两部分,我们知道了如何撰写wdl流程,同时也对wdl执行每个任务的逻辑有了一个了解,接下来,我们来看看如何真实的投递一个wdl任务。
验证语法没人喜欢投递任务下班回家,第二天上班发现由于脚本中的语法错误,它们在几分钟内都失败了。而针对NGS分析动辄几个小时的分析更是如此。所以我们在进行任务投递
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