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Standard operating procedure for somatic variant refinement of sequencing data with paired tumor and normal samples

发表于 2022-02-24 | 更新于 2026-08-28 | 分类于 生物信息 , NGS
该文献结合IGV可视化视图,对突变的人工审核方案提供了一些指导性的说明。 参考材料参考文献参考附件参考PPT
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常用数据库 - HGNC

发表于 2022-02-24 | 更新于 2026-08-28 | 分类于 生信数据库 , 总览
不同数据库对基因的命名五花八门,因此基因名称的标准化非常必要
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常用数据库-Uniprot

发表于 2022-02-24 | 更新于 2026-08-28 | 分类于 生信数据库 , 总览
The mission of UniProt is to provide the scientific community with a comprehensive, high-quality and freely accessible resource of protein sequence and functional information.
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常用数据库-dbNSFP

发表于 2022-02-24 | 更新于 2026-08-28 | 分类于 生信数据库 , 总览
dbNSFP is a database developed for functional prediction and annotation of all potential non-synonymous single-nucleotide variants (nsSNVs) in the human genome.
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math-百分位数的计算说明

发表于 2022-02-20 | 更新于 2026-08-28 | 分类于 机器学习 , 数学基础
定义统计学术语,如果将一组数据从小到大排序,并计算相应的累计百分位,则某一百分位所对应数据的值就称为这一百分位的百分位数。可表示为:一组n个观测值按数值大小排列。如,处于p%位置的值称第p百分位数。 说明一:用99个数值或99个点,将按大小顺序排列的观测值划分为100个等分,则这99个数值或99个 ...
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Git.常见问题

发表于 2022-02-08 | 更新于 2026-08-28 | 分类于 工程实践 , Git
终端使用git 命令中文显示异常执行如下配置git config配置,可以正常显示中文 1git config --global core.quotepath false CAfile &Capath none报错内容 123server certificate verification ...
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Survival Analysis

发表于 2022-02-07 | 更新于 2026-08-28 | 分类于 生物信息 , NGS
知其然知其所以然,了解原理,才能更好的进行后期的应用。
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肿瘤体系检测过程中的胚系过滤方案

发表于 2022-01-20 | 更新于 2026-08-28 | 分类于 生物信息 , NGS
在肿瘤分析中,很多研究都是针对体系变异进行的研究,这样发现的一些特异性变异可以更好的作为一些治疗方案的靶点,使得相应的治疗手段可以定向杀死肿瘤细,而不会影响正常细胞。但是肿瘤检测尝尝表现出极大的复杂性。检测结果中,也不是完全没有(0%)、杂合(50%)、纯合(100%)这种界限分明的划分。因此在配对样本检测过程中,如何有效的区分体系变异和胚系变异成为一个重要的话题。
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解读癌症研究的里程碑文献:Hallmarks of Cancer

发表于 2022-01-14 | 更新于 2026-08-28 | 分类于 生物信息 , NGS
概述2000年1月7日,瑞士Agora转化癌症研究中心的Douglas Hanahan教授和麻省理工学院的Robert A Weinberg教授在Cell杂志合作发表了一篇开创性综述“Hallmarks of Cancer”[1],该综述的发表改变了以往对癌症研究的散乱认知,将众多艰涩难懂的概念归纳 ...
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NGS检测相关缩略语说明表

发表于 2022-01-10 | 更新于 2026-08-28 | 分类于 生物信息 , NGS
NGS检测相关实验方向 缩略语 全称 含义说明 PEC 延伸型探针捕获(Probe Extension Capture) 一种先使探针与目标区域上游结合,然后以探针为引物通过PCR延伸获取目标区域DNA序列的捕获技术。 PE测序 双端(Pair-End)测序 - 信息分析方向 ...
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