Agent 开发知识点系列索引：按常见落地顺序排列，每篇聚焦单一技术主题，含行业问题、原理、实现、替代方案与代码示例。

Nature 2026：Duke 团队 Raygun 用两个参数协同控制蛋白替换与 indel，把 eGFP 缩到 FPbase 前 4%、EGF 结合更强；极端缩短仍要湿实验兜底。

第三方解读 Devkota / Singh 等 Nature 2026：Raygun 将蛋白语言模型嵌入压缩为固定维概率分布，以两个参数协同控制替换与 indel，实现模板引导的微型化与功能保留；细胞实验验证荧光蛋白、TurboID 与 EGF-EGFR 结合。

GitHub 仓库默认 CI/CD 方案 GitHub Actions 的配置与实践，含与 GitLab CI 的对照说明

Boosting 六法横向对比：AdaBoost、GBDT、XGBoost、CatBoost、LightGBM、NGBoost 的发展脉络、逐步补上的短板与选型。

文献介绍类文档的命名约定、读者定位、辩证立场、结构框架与配图约定。仅供写作时自用，正文稿不得引用本文。

NGBoost（约 2019）：自然梯度提升做概率预测；输出分布参数而非单点，适用边界与最小示例。

CatBoost（约 2017）：有序提升与类别特征处理；在 GBDT 族中的位置、适用边界与最小示例。

机器学习算法介绍类文档的命名约定、读者定位、结构框架、比喻与公式写法。仅供写作时自用，正文稿不得引用本文。

用 SSHFS 把远端目录挂到本地路径：适用场景、边界、最小用法与同类方案权衡。